應急柴油發電機組原本就是在突發情況下使用，因此其本身的可靠性至關重要。為了保證其可靠性，進行了多種保護設置，設計了多種跳機方式，防止造成不必要的損失。在正常啟動的情況下，分別會對柴油機以及發電機進行保護設置。

    (1)柴油機的保護設置

①機械超速狀態下的保護；

②曲軸箱中油壓過高的保護；

③潤滑油系統中的油壓太低的保護；

④潤滑油系統中的油溫過高的保護；

⑤當冷卻水中的壓力不正常的保護；

⑥當冷卻水的溫度達到最高值時的保護；

⑦絕緣故障的第二個閾值的保護；

⑧軸承溫度第二閾值的保護；

⑨燃油壓力過低的保護；

⑩渦輪增壓器的出口溫度過低或過高的保護。

(2)發電機的保護設置

①低電壓狀態下的保護；

②發電機差動狀態下保護；

③逆功率狀態下保護；

④發電機軸承溫度第二閾值；

⑤電機超速狀態下保護；

⑥勵磁旋轉二極管故障。

    應急運行方式下的保護

    應急運行狀態中，關鍵的是要滿足電源的投入，因此一旦需要進行保護設置，發電機的跳機信號只能留下三個，分別是機械超速狀態下的信息接受、發電機在低壓的情況下接受信號，以及就地應急停機。